SSH از رمزگذاری نامتقارن در چند مکان مختلف استفاده می‌کند. در طی فرآیند تعویض کلید اولیه که برای راه اندازی رمزگذاری متقارن (که برای رمزگذاری جلسه استفاده می‌شود)، از رمزگذاری نامتقارن استفاده می‌شود.