پروتکل SSH از الگوریتم‌های رمزگذاری قوی استاندارد صنعتی مانند AES برای ایمن سازی ارتباط بین طرفین درگیر استفاده می‌کند. علاوه بر این، این پروتکل از الگوریتم‌های هش مانند SHA-2 برای اطمینان از یکپارچگی داده‌های ارسال شده استفاده می‌کند.