WHM امکانات امنیتی گستردهای ارائه میدهد، از جمله تنظیمات فایروال، مدیریت SSL، مانیتورینگ و لاگینهای سرور برای تشخیص تهدیدات امنیتی، و مدیریت دسترسیها و مجوزهای کاربران. همچنین WHM ابزارهای مخصوص برای حفاظت از سرور در برابر حملات DDoS و امکان اجرای پشتیبانگیریهای منظم ارائه میدهد.