پروتکل FTP از روش خاصی برای رمزنگاری اطلاعات استفاده نمی‌کند. در صورتی که محتوای ارسالی از طریق FTP حاوی اطلاعات حساس باشد، بهتر است از پروتکل امن SFTP استفاده کنید که رمزنگاری شده و امن‌تر است.