تفاوت اصلی بین کانتینرها و ماشین‌های مجازی این است که ماشین‌های مجازی کل ماشین را تا لایه‌های سخت افزاری مجازی می‌کنند و کانتینرها فقط لایه‌های نرم افزاری بالاتر از سطح سیستم عامل را مجازی می‌کنند.