Secure Shell برای اتصال به سرورها، ایجاد تغییرات، انجام آپلود و خروج، یا با استفاده از ابزار‌ها یا مستقیماً از طریق ترمینال استفاده می‌شود. کلیدهای SSH را می‌توان برای خودکارسازی دسترسی به سرور‌ها یا  استفاده کرد و اغلب در اسکریپت ها، سیستم های پشتیبان گیری و ابزارهای مدیریت پیکربندی استفاده می‌شود.